1999年8月22日：型号为MD-11型的中华航空CI 642班机在八号风球之下降落南跑道（07R/25L）时翻侧，机身仰卧在草坪，右机翼折断并发生火警，事件造成3死210人受伤。民航处调查报告指出事件为正副机师操作错误所造成。
2006年8月3日：台风派比安吹袭。当日香港天文台无发出八号风球，但由于机场上空阵风和风切变强劲，引致香港国际机场出现混乱。8月3日全日有超过620班航机受影响，包括158班航机延误，303班航机取消及99班航机需转飞其他地区，影响旅客达11万人次。较年前台风尤特的影响更大，成为香港国际机场启用以来影响最大的事故。至8月6日，机场运作才恢复正常。
2006年10月10日：机场航空公司登机电脑系统在清晨5时发生故障，所有航班需改由人手办理登机手续，而航班资料显示屏幕亦未能显示资料，令旅客需花更长时间办理登机手续，机铁香港站及九龙站则全日停办登机手续，受影响航班共有47班。
2008年6月7日：机场对外的唯一连接道路北大屿山公路，由于暴风雨引致山泥倾泻和严重水浸而中断达十小时，期间旅客只能乘坐机场快线进出东涌及机场。
2010年4月13日：型号为空中客车A330-300的国泰航空CX780班机由印尼泗水飞往香港途中怀疑因右引擎故障，在下午1时45分于北面跑道（07L/25R）紧急降落时，6个轮胎爆裂并着火，8人受伤。
